Bazı hastalarda zaman zaman ağrı şikâyeti olabilir. Ağrı çeşitli nedenlere bağlı olabilir. Genellikle kistlerin etrafa olan basısı sonucunda ortaya çıkar. Parasetamol içeren ağrı kesiciler kullanılabilir. Ağrı kesici olarak “nonsteroid antiinflamatuar ilaçlardan”, yani halk arasında “romatizma ilacı” olarak bilinen ilaçlardan özellikle kaçınılmalıdır. Bu konuda detaylı bilgi alabilmek için mutlaka hastalar hekimlerine danışmalıdır.
Bazen kist duvarının çatlaması sonucu ağrı ve hatta idrarda kanama olabilir. Bu durumda yatak istirahati, parasetamol içeren ağrı kesicilerin kullanılması ve bol sıvı alınması önerilir.
Bazen idrar yollarında oluşan bir taşa bağlı olarak çok şiddetli ağrı ile karşılaşılabilir. Böyle durumlarda hasta mutlaka en yakın sağlık kuruluşuna başvurmalı ve kendisinde polikistik böbrek hastalığı olduğunu söylemelidir. Bu durumda da genellikle ağrı kesiciler kullanılır ve hastanın sıvı alımının artırılması önerilir. Yapılan incelemelerin sonucunda eğer bir taşın idrar yollarını tıkadığı anlaşılırsa buna yönelik taş kırdırma ya da cerrahi girişime başvurulabilir.