Polikistik böbrek hastalığında çeşitli organlarda kistlerin gelişmesi dışında başka sorunlarla da karşılaşılabilir. Bunlardan başlıcaları kalp kapaklarında bozukluklar, çeşitli damarlarda (özellikle beyin damarlarında) anevrizmalar (baloncuklar), barsaklarda divertiküller (barsak duvarında eldiven parmağı şeklinde genişlemeler) ve herni (fıtık) gelişmeleridir.
Kalp Kapaklarında Bozukluklar: Polikistik böbrek hastalarında kalp kapaklarında hareket bozuklukları görülebilir. Bu bozukluklar çoğu kez herhangi bir şikâyete yol açmaz. Ancak ekokardiyografi denilen tetkik ile saptanabilirler. Çoğu kez, bir sorun oluşturmaları beklenmez.
Beyin Damarlarında Anevrizmalar (Baloncuklar): Polikistik böbrek hastalarında nadiren beyin damarlarında anevrizma adı verilen baloncuklar oluşabilir. Bu anevrizmaların çok düşük de olsa, yırtılma ve kanama riskleri vardır. Yüksek tansiyonu olanlarda ve sigara içenlerde bu risk daha yüksektir. Polikistik böbrek hastalığı olan bir aile bireyinde anevrizma varsa, diğer bireylerinde de olma riski vardır.
Polikistik böbrek hastalığında görülebilecek bu ciddi soruna rağmen, tüm hastaların bu anevrizmaların varlığını anlamak açısından araştırılması önerilmez. Çünkü anevrizma gelişme olasılığı nadirdir. Bir hastada anevrizma olsa bile, bunun yırtılma riski düşüktür. Hiçbir hastalığı olmayan kişilerde bile böyle anevrizmaların gelişebileceği düşünülecek olursa neden araştırma gerekmediği anlaşılabilir. Buna karşılık, ailesindeki bir bireyde anevrizması olan bir hastanın bu açıdan araştırılması önerilir.
Barsak Divertikülleri: Polikistik böbrek hastalarında barsaklarda divertiküller, yani barsak duvarında eldiven parmağı şeklinde genişlemeler olabilir. Bu da, çoğu kez herhangi bir şikâyete yol açmaz. Bu divertiküller bazen iltihaplanabilir (divertikülit gelişebilir) ve böyle bir durumda da tedavisi gerekir. Her hastanın divertikül oluşumları açısından araştırılması önerilmez.
Herniler (Fıtıklar): Polikistik böbrek hastalarında kasık veya göbek fıtığı oluşma riski normal kişilere göre biraz daha yüksektir.